《异形：夺命舰》故事设定在《异形1》和《异形2》之间，并和《异形4》《异形前传：普罗米修斯》珠胎暗结，形成回环。

甫一开场，就把观众带到一股怀旧视野中，杰克逊星球泛黄的色调，破败的街景，凋敝的经济，悲观的人类，嘈杂的广播，维兰德公司野心勃勃把人类当成奴隶，到处拓展基地开采矿石，挖空心思做着殖民银河系的春秋大梦。

天空被阴霾遮蔽，人类已经很久没见到太阳光，年轻人想要离开杰克逊星球要作为“工具人”熬很多年，耗尽青春和体力，攒下的积分足够了，也不一定能办到通行证。